Nach der Niederlage des Deutschen Reiches im Zweiten Weltkrieg und der bedingungslosen Kapitulation am 8. Mai 1945 entstand die CDU zunächst auf regionaler Ebene in den Besatzungszonen in Ost- und Westdeutschland. Am 26. Juli 1945 veröffentlichte der Gründerkreis in Berlin den Aufruf „Deutsches Volk“, der einen „Trümmerhaufen sittlicher und materieller Werte“ beklagte. Auf dem Gebiet der Bundesrepublik gründete sich in Goslar beim Bundesparteitag der CDU vom 20. bis 22. Oktober 1950 die CDU-Bundespartei. Ganz anders verlief der Gründungsprozess der CDU auf dem Gebiet der Sowjetischen Besatzungszone. Nach und nach wurden hier Vertreter einer bürgerlichen Politik von den Sowjets beziehungsweise der SED aus ihren Ämtern verdrängt und die Partei wurde nach dem Vorbild kommunistischer Parteien umgeformt. Auf dem 6. Parteitag der CDU in der SBZ vom 16. bis 18. Oktober 1952 erkannten die Delegierten den Führungsanspruch der SED an. Erst nach dem Fall der Mauer im November 1989 fand die CDU in Ostdeutschland allmählich wieder zu einem eigenständigen Profil zurück.
Im Westen Deutschlands war die CDU an allen politischen Richtungsentscheidungen der Nachkriegszeit in den Ländern und auf Bundesebene beteiligt. Auf Bundesebene entwickelte sich Konrad Adenauer zum überragenden Kopf der Partei. Seine Wahl zum ersten Kanzler im September 1949 war nicht nur für die Geschichte der Bundesrepublik wegweisend, seine Positionen und seine Politik der Westintegration prägten auch das politische Profil der CDU. Adenauers Politik hatte Auswirkungen, die bis in die Gegenwart reichen – dies gilt etwa für die Politik der europäischen Integration, die Durchsetzung der Sozialen Marktwirtschaft sowie die Wiederaufrüstung und den NATO-Beitritt der Bundesrepublik. Helmut Kohl, der am 1. Oktober 1982 zum Bundeskanzler gewählt wurde, knüpfte an Adenauers Politik an. 1990 gelang es ihm, in schwierigen Verhandlungen die Zustimmung der Hauptsiegermächte des Zweiten Weltkriegs zur Deutschen Einheit zu erreichen.
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