Nach der Flucht seiner Eltern aus der DDR wurde 1959 Hubertus Knabe in Unna geboren. Er studierte Geschichte und Germanistik an der Universität Bremen und war von 1983 bis 1985 Pressesprecher der Fraktion der Grünen in der Bremischen Bürgerschaft. Im Jahr 2000 berief der Stiftungsrat der Stiftung Gedenkstätte Berlin-Hohenschönhausen Hubertus Knabe zum Gründungsdirektor der Gedenkstätte im früheren zentralen Stasi-Gefängnis. Unter Knabes Leitung erhöhte sich die Zahl der Gedenkstättenbesucher von rund 60.000 auf annähernd 450.000 pro Jahr. Für seine Arbeit wurde er 2009 von Bundespräsident Horst Köhler mit dem Bundesverdienstkreuz am Bande ausgezeichnet. Seit 2020 arbeitet er an der Universität Würzburg, wo er die Aufarbeitung von Diktaturen im weltweiten Vergleich untersucht. Er ist Mitglied des Zeithistorischen Beirates der Konrad-Adenauer-Stiftung. Im April dieses Jahres erschien eine akualisierte Neuauflage seines Buches „17. Juni 1953. Ein deutscher Aufstand“.